Powstanie i warunki tworzenia się krzemieni należą do największych zagadek współczesnej geologii. Ich geneza budzi liczne kontrowersje, mimo prowadzonych od dziesięcioleci prac badawczych na całym świecie. Krzemienie spotyka się bardzo często w profilach geologicznych, choć geolodzy rzadko poświęcają im większą uwagę. Brak dokładnej klasyfikacji petrograficznej krzemieni stanowi również problem dla archeologów. Pierwszą próbę takiej klasyfikacji podjął Stefan Krukowski w 1920 roku, obejmując nią wszystkie znane ze źródeł archeologicznych odmiany krzemieni. Aby jednak ta klasyfikacja mogła zadowolić specjalistów z różnych dziedzin, musi ona być logiczną kontynuacją zasad podziału całej grupy skał krzemionkowych. Nie bez znaczenia jest też fakt, że istnieje znaczna rozbieżność w nazewnictwie poszczególnych odmian krzemieni. Jednym z przykładów są dwa terminy: krzemień i czert. Pod pojęciem krzemień rozumie się konkrecje krzemionkowe o ostrych granicach ze skałami otaczającymi (np.wapieniami), natomiast pod pojęciem czert – skupienia krzemionki o nieostrych granicach ze skałami otaczającymi. W krajach anglosaskich geolodzy używają terminu czert (chert) w odniesieniu do wszystkich skał krzemionkowych o zatartej strukturze organicznej, w tym również krzemieni sensu stricto, natomiast termin krzemień (flint) jest używany prawie wyłącznie przez archeologów.
Największe złoża krzemieni w Polsce występują w województwach: świętokrzyskim, mazowieckim, lubelskim, górnośląskim i małopolskim. Przeważają krzemienie jasnoszare, czekoladowe i pasiaste wieku jurajskiego oraz krzemienie i czerty kredowe (w tym odmiany krzemieni: świeciechowski, gościeradowski i ożarowski). Dla archeologów ważne są też krzemienie, które nie występują in situ, czyli takie, które zostały przeniesione (redeponowane) przez lodowce lub rzeki z miejsc ich pierwotnego występowania. Były one cennym surowcem do wytwarzania różnego rodzaju narzędzi w paleolicie i neolicie. Przykładem krzemieni redeponowanych jest krzemień narzutowy bałtycki wieku kredowego, znajdowany w osadach polodowcowych prawie na całym obszarze kraju. W Górach Świętokrzyskich, Sudetach oraz na Wyżynie Śląsko-Krakowskiej znane są również krzemienie dewońskie i karbońskie (Lech, 1980; Migaszewski in., 1999; Manecki, Muszyński, 2008).